游戏以飞刀门与朝廷官府之间的斗争为线索，使玩家先以第三方的角度去了解，到最后加入阵营亲身体验。其中并加以丰富的支线剧情，使玩家对世界观更加了解，也加深了游戏的故事性。
故事主线
游戏从奉天附近的玉溪村（新手村）开始，通过村民中毒事件来了解飞刀门与官府这两股势力的情况和它们之间的关系。从而将玩家引导到奉天城，通过深入调查，发现是城外的强盗首领王霸天在宦官马元贽的指使下，在玉溪村下了毒，并嫁祸给飞刀门，从而玩家开始在飞刀门，官府之间周旋……
故事支线
游戏中有很多与主线剧情无关的支线任务，官府阵营与飞刀门阵营的玩家完成支线任务的行为方式也不相同。官府阵营凡事讲求证据，以法律法规为基本出发点。而飞刀门崇尚以暴治暴，以切身利益为出发点。从而造成两个阵营有不同的任务体验。
